Οι Άγιοι Απόστολοι είναι ένα άριστα διατηρημένο βυζαντινό μνημείο- αντίγραφο του καθολικού της Νέας Μονής . Από τους δυο τρούλους του ναού ο μεγάλος έχει οκταγωνική στήριξη. Οι τοιχογραφίες του ναού  έχουν φιλοτεχνηθεί από τον Αντώνιο Δομέστιχο από την Κρήτη το 1665. Ο νάρθηκας καλύπτεται με πτυχωτό τρούλο και δύο αψίδες. Σε αντίθεση με άλλες Βυζαντινές εκκλησίες οι τρούλοι στολίζονται με οδοντωτές ταινίες, επάλληλα πλίνθινα τόξα, φιαλοστόμια και διπλούς μαρμάρινους κιονίσκους. Τα τυφλά αψιδώματα και τα αετώματα στις μακρές πλευρές του ναού θυμίζουν το πρότυπο της Νέας Μονής, ενώ ο πλούσιος κεραμικός διάκοσμος και η ζωηρή φυσική πολυχρωμία προσδίδουν ένα δικό τους ύφος όχι άσχετο με την οψιμότερη χρονολόγηση του (13ου – 14ου αιώνα). Ο ιερομόναχος Συμεών ανήγειρε ¨εκ βάθρων¨ το ναό στα 1564 σύμφωνα με μια επιγραφή που υπάρχει πάνω από την κεντρική είσοδο του ναού.
Στο εσωτερικό του ναού υπάρχουν τοιχογραφίες, που βρίσκονται σε αρκετά καλή κατάσταση. Μόνο οι τοιχογραφίες του νάρθηκα στο μεγαλύτερο μέρος τους έχουν καταστραφεί. Όλες είναι έργο του Κρητικού Δομέστιχου Κυνηγού (1665).
Στον τρούλο απεικονίζεται ο Παντοκράτορας περιβαλλόμενος από προφήτες. Μεταξύ των παραθύρων του τρούλου απεικονίζονται ολόσωμοι άγγελοι και σε χαμηλότερη ζώνη οι δώδεκα Απόστολοι. Ακολουθούν πιο χαμηλά οι τέσσερις ευαγγελιστές. Η εικονογράφηση της βόρειας πλευράς, επάνω ψηλά στις κόγχες, παρουσιάζει τη Βάπτιση και την Ανάσταση του Χριστού και χαμηλότερα τον εικονογραφικό κύκλο της ζωής του Αποστόλου Πέτρου. Αντίστοιχα στη νότια πλευρά απεικονίζονται η Γέννηση και η Μεταμόρφωση και πιο κάτω σκηνές που αφηγούνται τη ζωή του άλλου κορυφαίου από τους Αποστόλους, του Παύλου. Οι επιφάνειες του ιερού καλύπτονται με άλλα εικονογραφικά θέματα. Στον τρούλο του νάρθηκα απεικονίζεται η Παναγία με το Χριστό, περιβαλλόμενη από τους Αποστόλους.