Τον 6ο π.Χ. αιώνα η Χίος κινδύνευσε να καταληφθεί από τους ισχυρούς μονάρχες της Ασίας. Ο βασιλιάς της Λυδίας Αλυάττης (610 – 560 π.Χ.) στράφηκε προς τις Ιωνικές πόλεις και άρχισε να τις καταλαμβάνει. Μόνο η Μίλητος του έφερε αντίσταση. Κατά την μακροχρόνια πολιορκία της Μιλήτου η μόνη ιωνική πόλη που την βοήθησε ήταν η Χίος. Δε γνωρίζουμε ακριβώς αν έστειλε στρατιωτική βοήθεια ή την εφοδίασε με τρόφιμα (που είναι το πιθανότερο). Το επεισόδιο αυτό μας δείχνει τη ναυτική ισχύ της Χίου, η οποία αψήφησε την μεγάλη στρατιωτική δύναμη του Λυδού βασιλιά.  Η Χίος σε όλο το διάστημα αυτό παρέμεινε ελεύθερη και αυτόνομη και δεν υποτάχθηκε πότε στη Λυδία.
Η κατάσταση όμως άλλαξε όταν εμφανίστηκαν οι Πέρσες . Ο Κύρος (559-528 π.Χ.  ) ,ιδρυτής του περσικού κράτους , αφού νίκησε και κατέλυσε το κράτος των Λυδών ,που είχαν βασιλιά το γιο του  Αλυάτη , Κροίσο, επιτέθηκε κατά των ιωνικών πόλεων και άρχισε να τις καταλαμβάνει τη μια μετά την άλλη. Η Χίος δε γνωρίζουμε ακριβώς αν καταλήφθηκε από τον Κύρο ή κατακτήθηκε από το Δαρείο. Πιθανόν η κατάκτηση της Χίου από τους Πέρσες έγινε μεταξύ 518 και 513 . Τότε, τύραννος της Χίου ήταν ο Στράτις (οι Πέρσες σε κάθε πόλη που κατακτούσαν όριζαν έναν τύραννο σαν κυβερνήτη , ο οποίος ήταν τυφλό όργανό τους και τους εξασφάλιζε την κυριαρχία στους υποτελείς λαούς). Η Χίος βοήθησε το Δαρείο στην εκστρατεία του κατά των Σκύθων (513 π.Χ. ) . Κατά την εκστρατεία του αυτή οι Ίωνες τύραννοι του κατασκεύασαν μια γέφυρα στο Βόσπορο, για να περάσει με ασφάλεια ο στρατός του( 700.000 άνδρες κατά τον Ηρόδοτο). Κατά τη διάρκεια του πολέμου του Δαρείου κατά των Σκύθων οι τύραννοι των Ιωνικών πόλεων ήθελαν να εξεγερθούν κατά του Δαρείου , μετά από προτροπή των Ιώνων που φρουρούσαν τη γέφυρα στο Βόσπορο. Την πρόταση αυτή    δεν αποδέχθηκε ο τύραννος της Μιλήτου Ιστιαίος, όπως και της Χίου Στράτις , οι οποίοι πίστευαν πως, αν ηττηθεί ο Δαρείος, θα χάσουν τη δύναμή τους.