Δύο κυρίως αρχαιολογικές θέσεις της Χίου , το Άγιο Γάλα και το Εμποριό ,  μας δίνουν πληροφορίες από την Πρώιμη Νεολιθική εποχή(6000-5000 π.Χ.) για τους προελληνικούς λαούς που είχαν εγκατασταθεί. Ο αρχαιολογικός χώρος του Εμποριού αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα παραθαλάσσιου οικισμού, του οποίου η οικονομία βασιζόταν στην κτηνοτροφία , την αλιεία και το κυνήγι. Τα δέκα ευκρινώς διακρινόμενα στρώματα από τις ανασκαφές στον Εμποριό καλύπτουν τη χρονική περίοδο 6000 π.Χ. έως τα τέλη της πρώιμης Χαλκοκρατίας (2000 π.Χ.). Η κύρια περίοδος της Χαλκοκρατίας (2800-1100 π.Χ.) έχει σαν κύρια γνωρίσματά της τη χρήση των μετάλλων, την καλύτερη κατανομή εργασίας και την ίδρυση οχυρωμένων αστικών κέντρων. Στον Εμποριό είχε ιδρυθεί αρχικά οικισμός στο νότιο τμήμα του λιμανιού, ο οποίος αργότερα επεκτείνεται και προς την κορυφή του λόφου της Ακροπόλεως και οχυρώνεται με πέτρινο τείχος. Στα μέσα της Γ’ χιλιετηρίδας  το Εμποριό καταστράφηκε από πυρκαγιά και ξαναχτίστηκε αποτελώντας ένα αξιόλογο αστικό κέντρο.
Κατά τους πρώτους αιώνες της Μέσης Χαλκοκρατίας (Μεσοελλαδική 1900 – 1600πχ) νέο κύμα εισβολέων κατακλύζει το Αιγαίο. Οι ερευνητές τους αναφέρουν σαν Αχαιούς και άλλοι σαν Ίωνες, οι οποίοι θα εγκολπωθούν το Μινωικό πολιτισμό και θα τον μετασχηματίσουν σε Μυκηναϊκό.
Η Υστέρα Χαλκοκρατία (1600-1100 πχ) είναι πολύ σημαντική , γιατί για πρώτη φορά γίνεται αποικισμός από ελληνικά φύλα. Επειδή η μητρόπολη αυτού του πολιτισμού ήταν οι Μυκήνες, γι' αυτό ονομάστηκε Μυκηναϊκός πολιτισμός. Η μυκηναϊκή περίοδος χαρακτηρίζεται από την αύξηση των οικισμών και εξάπλωση του εμπορίου με το Μυκηναϊκό  κόσμο. Τα μυκηναϊκά αγγεία που βρέθηκαν στον Εμποριό αποδεικνύουν τις άμεσες εμπορικές σχέσεις μεταξύ Χίου και Κρήτης.
Ο Μυκηναϊκός οικισμός του Εμποριού εγκαταλείφθηκε ή καταστράφηκε στις αρχές του 11ου πχ αιώνα και παρέμεινε ακατοίκητος και έρημος για τρεις τουλάχιστον αιώνες. Όταν μάλιστα ιδρύθηκε ο νέος οικισμός, αυτός χτίστηκε στις δυτικές πλαγιές του λόφου του Προφήτη Ηλία.