Το 1599 Φλωρεντίνοι ιππότες του Αγίου Στεφάνου , οι οποίοι με τις τριήρεις τους προσπαθούσαν να καθαρίσουν τις θάλασσες από τους Τούρκους , αποβίβασαν τη νύχτα στη Χίο 400 στρατιώτες. Σκότωσαν τους Τούρκους φρουρούς που φύλαγαν το λιμάνι. Οι Τούρκοι νόμισαν ότι ο στρατός που τους πολιορκεί ήταν πολυάριθμος και κλείστηκαν για να προστατευτούν στο κάστρο. Οι Φλωρεντίνοι άρχισαν να λεηλατούν τα σπίτια των χριστιανών , φερόμενοι σαν ληστές παρά σαν πολεμιστές.   Οι Τούρκοι κατάφεραν να τους διαλύσουν και να σφάξουν τους περισσότερους. Όσοι κατάφεραν να σωθούν, έφθασαν στο Δελφίνι για να τους πάρουν τα πλοία τους. Οι Τούρκοι νόμισαν ότι οι Χιώτες ήταν συνένοχοι των Φλωρεντίνων. Έτσι φθάνει στη Χίο πολυάριθμος στόλος των Τούρκων με αρχιναύαρχο τον Τσικάλ Πασά. Σκότωσαν και κρέμασαν πολλούς Χιώτες οι Τούρκοι και ανάγκασαν τους καθολικούς Χίους να πουλήσουν τα σπίτια τους σε πολύ μικρή τιμή και να αναχωρήσουν από το νησί. Οι Τούρκοι ήθελαν με τον τρόπο αυτό να δείξουν ότι οι εξεγέρσεις εναντίον τους φέρνουν μεγαλύτερη βλάβη στους Χριστιανούς παρά στους Τούρκους. Οχύρωσαν το φρούριο της Χίου με 4000 στρατιώτες.
Αφού κυρίευσαν οι Τούρκοι το νησί , έδωσαν πάλι στους Χιώτες πολλά προνόμια , τα οποία έπρεπε να ανανεώνει ο κάθε νέος σουλτάνος. Έδωσαν άδεια να ξαναχτίσουν ναούς , να μπορούν να περιφέρουν  σταυρούς και εικόνες, να τελούν λιτανείες, να μην έχουν  οι Τούρκοι κανένα τζαμί , εκτός από ένα μέσα στο φρούριο και κανένας χριστιανός δεν είναι υποχρεωμένος να  αρνηθεί τον χριστιανισμό. Επίσης να μην πληρώνουν φόρο για τα σπίτια τους και να είναι ελεύθερο το εμπόριο σ’ όλο τον Εύξεινο Πόντο από τελώνιο(φόρος τελωνίου).