Ο σουλτάνος Σουλεϋμάν ο Α’ ο Μεγαλοπρεπής θέλησε να καταστρέψει τη Μάλτα , επειδή ήταν άσυλο όλων των Χριστιανικών πλοίων. Γι’ αυτό όρισε αρχιναύαρχο του στόλου του τον Σελίμη Πιαλή Πασά, Ούγγρο στην καταγωγή και θανάσιμο εχθρό των χριστιανών. Ο σουλτάνος του έδωσε εντολή να καταλάβει τη Μάλτα και στη συνέχεια τη Χίο. Ο σουλτάνος δεν άντεχε να βλέπει τους Ιουστινιάνους, κυβερνήτες της Χίου,  να δίνουν άσυλο σε 1000 κάθε χρόνο περίπου αιχμαλώτους των Τούρκων.
Ο Πιαλή Πασάς απέτυχε να κατακτήσει τη Μάλτα και έφθασε στη Χίο, τη Μεγάλη εβδομάδα με 300 πλοία ( 300 αναφέρει ο Ιουστινιάνης, ο Θεοτοκάς και ο Hammer 80), έχοντας μαζί του και τον αντιπρόσωπο των Ιουστινιάνων στην Κωνσταντινούπολη.  Οι Μαονείς έστειλαν 12 απεσταλμένους στον Πασά να του προσφέρουν πλούσια δώρα. Ο Πασάς τους έριξε στη φυλακή και στις 17 Απριλίου 1566 μπήκε στο λιμάνι της Χίου. Αποβιβάστηκε με πολυάριθμους στρατιώτες και κατευθύνθηκε προς το παλάτι. Εκεί έβγαλε λόγο στους Μαονείς , κατηγορώντας τους: α)γιατί συνεννοούνταν κρυφά με το Βασιλιά της Ισπανίας, β)γιατί έδιναν άσυλο σε αιχμαλώτους των Τούρκων και γ) δεν πλήρωναν τους φόρους τους. Οι Μαονείς του απάντησαν ότι όλα αυτά ήταν συκοφαντίες και του πρόσφεραν πολλά χρήματα, για να τον δελεάσουν. Ο Πασάς δεν πείστηκε και έδωσε διαταγή να λεηλατήσουν την πόλη. Οι Τούρκοι βεβήλωσαν τους ναούς και τα μοναστήρια, αρπάζοντας άπειρα πλούτη και λάφυρα. Ο Μιχαήλ Ιουστινιάνης αναφέρει ότι, ως εκ θαύματος, το πλοίο που τα μετέφερε στην Τουρκία βυθίστηκε, αν και επικρατούσε γαλήνη. Ο Πιαλή Πασάς άφησε στη Χίο 500 στρατιώτες και 10 πλοία, για να τη φρουρούν.
Αφού κυρίευσαν τη Χίο οι Τούρκοι , οι Μαονείς διασκορπίστηκαν , άλλοι στην Κωνσταντινούπολη ,  άλλοι στην πατρίδα τους τη Γένοβα, άλλοι στη Ρώμη, Σικελία, Ιταλία, Ινδία , άλλοι πλήρωσαν μεγάλα ποσά στους Τούρκους για να μείνουν στη Χίο. Το 1567 πεθαίνει ο σουλτάνος Σουλεϋμάν και τον διαδέχεται ο γιος του Σελίμης ο Β’. Ο νέος διάδοχος φοβήθηκε να μην ερημωθεί το νησί από τις συνεχείς μεταναστεύσεις.   Έδωσε διαταγή να ελευθερωθούν όλοι οι αιχμάλωτοι Ιουστινιάνι στην Κωνσταντινούπολη. Εκείνοι ζήτησαν από το Σελίμη να τους επιστρέψει την πατρίδα τους , που άδικα τους είχε πάρει. Εκείνος αρνήθηκε , τους έδωσε όμως πολλά προνόμια(«αχτιναμέ») και ελευθερία να κάνουν  Θρησκευτικές τελετές. Ο σουλτάνος τότε ζήτησε 21 παιδιά(μειράκια) , τα πιο όμορφα και έξυπνα. Τα παιδιά ήταν περίπου 10 χρονών. Οι Τούρκοι τους υποσχέθηκαν τιμές και μεγάλη ανταμοιβή, αν αλλαξοπιστούσαν και αρνούνταν το Χριστό. Όλα εκτός από 3 αρνήθηκαν να «τουρκέψουν» και βασανίστηκαν μέχρι θανάτου από τους Τούρκους.
Η Χίος μετά την υποταγή της στην Οθωμανική αυτοκρατορία έγινε επαρχία στο Εγιαλέτι των νήσων του Αιγαίου και είχε διοικητή το ναύαρχο Καπουδάν Πασά. Η επαρχία Χίου – Ψαρών είχε διοικητή το Μουσελίμη, ο οποίος ήταν απλός επικαρπωτής για δύο χρόνια, αγοράζοντας την επικαρπία από το σουλτάνο για 400.000 γρόσια.