Η συνύπαρξη της Ελληνικής Ορθοδόξου και Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας.  

Οι Μαονίτες είχαν τη σύνεση να σεβαστούν τα ήθη του ελληνο-ορθόδοξου πληθυσμού του νησιού. Υποσχέθηκαν στους Έλληνες πλήρη θρησκευτική ελευθερία και η Ορθόδοξη εκκλησία της Χίου διατήρησε τις παραδόσεις και το τελετουργικό της. Τα μέλη της Ορθοδόξου εκκλησίας του νησιού είχαν το δικαίωμα βάσει της συμφωνίας παράδοσης του 1346 να λειτουργούν τις εκκλησίες και τις μονές τους, να διατηρούν τον κλήρο και το τυπικό εκλογής μητροπολίτη και να ζουν σύμφωνα με την πίστη τους. Οι Γενουάτες κράτησαν τις υποσχέσεις τους σχετικά με τη θρησκευτική ελευθερία, όπως αποδείχθηκε από τη μεταγενέστερη στάση τους σε πολλές περιπτώσεις, συμπεριλαμβανομένης της επιστροφής της εικόνας της Θεοτόκου στη Νέα Μονή (που είχε ιδρυθεί από τον Αυτοκράτορα Κωνσταντίνο τον μονομάχο) και την επάνδρωση εκ νέου του μοναστηριού μετά την εγκατάλειψη του από τους μοναχούς λόγω του φόβου των Λατίνων. Επιπλέον, η Νέα Μονή δημεύθηκε από τους Έλληνες κατόχους της το 1509 και αποδόθηκε με όλα της τα εισοδήματα στο Λατίνο Επίσκοπο. Ωστόσο, παρόλη την ευνοϊκή μεταχείριση που λογικά τύγχανε από τους Γενουάτες η Καθολική Εκκλησία της Χίου ήρθε αργότερα σε ρήξη με του Μαονίτες σχετικά με την εκκλησιαστική περιουσία στο νησί.

Η έντιμη στάση των Γενουατών και η θρησκευτική ανοχή τους συνεχίστηκε ακόμα και ύστερα από τα γεγονότα της εξέγερσης σε βάρος τους -που χαρακτηρίστηκε ως προδοσία- το Πάσχα του 1347 (1η Απριλίου). Οι Έλληνες του νησιού έχοντας χάσει κάθε ελπίδα σωτηρίας από τον Αυτοκράτορα, προσπάθησαν να οργανώσουν ένα σχέδιο κατά των Γενουατών με επικεφαλής τον Μητροπολίτη. Ήταν η τελευταία απέλπιδα προσπάθεια να προσαρτήσουν ξανά το νησί στην Αυτοκρατορία με τη δολοφονία των Γενουατών αρχηγών που είχαν συγκεντρωθεί να γιορτάσουν το Πάσχα. Οι συνωμότες συγκεντρώθηκαν στην Εκκλησία του Άγιου Γεωργίου στο Βαρβάσι στον Κάμπο (μεταγενέστερα ονομάστηκε εκκλησία του Άγιου Γεωργίου του Καταδότη), αλλά απέτυχαν  να αναλάβουν δράση, γιατί καταγγέλθηκαν από έναν άγνωστο δοσίλογο στους Γενουάτες.  Οι συνωμότες συνελήφθηκαν αμέσως και τιμωρήθηκαν παραδειγματικά στην αγχόνη που στήθηκε στην κεντρική είσοδο του κάστρου με εξαίρεση τον Μητροπολίτη που υποχρεώθηκε σε εξορία. Ο Μητροπολίτης αντικαταστάθηκε με τον επονομαζόμενο Δίκαιο, οποίος είχε τις ίδιες αρμοδιότητες αλλά διοριζόταν από τους Μαονίτες και όχι από το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης, όπως πριν. Έτσι, η διοίκηση της Ορθόδοξου Εκκλησίας του νησιού πέρασε έμμεσα στην επιρροή της Μαόνα.

Ανάμεσα στους κύριους συμμετέχοντες στο σχέδιο, όπως εμφανίζονται μέσα από τις συμβολαιογραφικές πράξεις, ήταν ο Μιχαήλ Κορέσσης και οι αδερφοί του καθώς και ο Βασίλειος Αργέντης, μερικά από τα πιο εξέχοντα μέλη της Ελληνικής Αριστοκρατίας. Οι περιούσιες των συνωμοτών δημεύθηκαν και ένα κλάσμα τους διανεμήθηκε σε αυτούς που είχαν συμμετοχή στη σύλληψή τους. Η ακίνητη περιουσία των καταδικασμένων ονομάστηκε xelimata από την ελληνική λέξη  χιλισματικό που σήμαινε δημευμένη περιουσία και προέρχεται από τη λέξη εξαλείφω. Η εκκλησία του Άγιου Γεωργίου του Καταδότη βρίσκεται μέχρι σήμερα στο Βαρβάσι, νότια της περιουσίας του Κωνσταντίνου Κοκκινάκη. Καταστράφηκε από το σεισμό του 1881, αλλά ξανακτίστηκε στο ίδιο μέρος (βλέπε φωτο 8).

Κατά τη διάρκεια της Γενουατικής περιόδου, υπήρχαν εννιά Καθολικές ενοριακές εκκλησίες και δεκατέσσερα μέλη του Καθολικού κλήρου διακόνευαν ως Επίσκοποι Χίου από το 1346 μέχρι το 1566. Η πρώτη αναφορά σε  Λατινικό μοναστήρι στη Χίο γίνεται το 1375 για το μοναχικό τάγμα των ιεροκηρύκων που υπαγόταν διοικητικά στο Δομινικανό Τάγμα. Μερικές γραφές που αναφέρονται στα Καθολικά μοναστήρια της Χίου μας κατατοπίζουν σχετικά με την τοποθεσία και τα ονόματα τους, αλλά λίγα είναι γνωστά για αυτά πέραν του ονόματος και του τάγματος στο οποίο ανήκαν. Για παράδειγμα, το μοναστήρι του Άγιου Γεωργίου του Συκούση στην περιοχή των Μαστιχοχωρίων μάλλον ήταν αυτό των Fratres Minores και ένα άλλο μοναστήρι αυτό των Αυγουστίνων μοναχών βρισκόταν στην Απλωταριά στο κέντρο της πόλης. Η μονή των Φραγκισκανών του Άγιου Φαβιανού και Σεβαστιανού μαζί με την Παναγία την Τουρλωτή και τον Άγιο Γεώργιο κοντά στην Τριποταμάτη είναι μερικές από τις πολλές μονές  που επίσης αναφέρονται σε γραπτά κείμενα της εποχής. Υπήρχαν ασφαλώς και Ελληνικές μονές, όπως διευκρινίζεται από μια πράξη του δεύτερου μισού του 14ου αιώνα που περιέχει τα ονόματα των μονών του Άγιου Γεωργίου του Σεραπιού, της Άγιας Μαργαρίτας, του Σωτήρα στη Βεστραχάτη και των Αγριλίπων στην Καλαμωτή.