Μετά την κατάρρευση της Αθήνας, η Χίος πέρασε στην ηγεμονία της Σπάρτης και πολύ γρήγορα διαπίστωσε ότι οι Σπαρτιάτες ήταν χειρότεροι από τους Αθηναίους. Ενώ αρχικά διακήρυτταν ότι μάχονταν για την ελευθερία των Ελληνικών πόλεων , κατέλυσαν τα δημοκρατικά πολιτεύματα και παρέδωσαν την εξουσία σε τοπικές δεκαρχίες από άτομα αφοσιωμένα στη Σπάρτη και έβαλαν στρατιωτικές φρουρές με σπαρτιάτη διοικητή(αρμοστή). Επίσης οι Σπαρτιάτες απέσπασαν όλες τις τριήρεις από τα νεώρια , γκρέμισαν τα τείχη της πόλης και εξόρισαν πολλούς Χιώτες πολίτες. Ήταν ολοφάνερο ότι η ηγεμονία της Σπάρτης ήταν κατά πολύ χειρότερη των Αθηνών και ήταν φυσιολογική η επιθυμία των Χιωτών για εξέγερση εναντίον των Σπαρτιατών.    
Το αποφασιστικό πλήγμα κατά της Σπάρτης δόθηκε από τον Αθηναίο ναύαρχο Κόνωνα και τον Πέρση σατράπη Φαρνάβαζο, οι οποίοι οργάνωσαν ισχυρό στόλο και νίκησαν τους Σπαρτιάτες στην ναυμαχία της Κνίδου το 394 π.Χ.. Έτσι άρχισαν να αποσύρονται οι Σπαρτιατικές φρουρές από τις Ιωνικές πόλεις και από τη Χίο , η οποία ανάκτησε την αυτονομία της.